Вообще то при закрытии EP налоги автоматически снимают с последней зарплаты (когда до срока окончания действия вашего EP остается меньше месяца). Вам точно не снимали? Либо человек сам до отьезда должен обратиться в IRAS.
Если вы этого не сделали, то пошлите е-mail в IRAS, они назовут точную сумму налогов и скажут, что делать.